首页 >> 新闻纵横 >> 正文
【厦大人的一天】一篇Science文章的发表
发布时间:2015年12月28日 来源:

早上八点,林森杰教授坐上了开往翔安校区的校车。而其实,他的工作开始于两小时前。六点起床后,他先评审了一个国家基金委委托的项目。1999年,林森杰进入美国康涅迪克大学工作,2010年成为我校海洋与地球学院教授。

位于翔安校区东门旁的周隆泉楼,就是近海海洋环境科学国家重点实验室的所在地。走上三楼,左手边就看到了一堵精心布置的照片墙。居中的照片特别显眼,大家动作一致,双手交叉放在胸前,微笑着,但又洋溢着满满的自信。

得知记者的来意后,林教授有点腼腆地说:“那我的一天其实是蛮琐碎的,我们做科研的日子很平常。”与林森杰教授的聊天,肯定离不开藻类。2015年11月底,国际顶尖期刊science发表了,他们关于虫黄藻及其与珊瑚礁共生机制的最新研究成果。

显微镜下的虫黄藻。

其貌不扬的虫黄藻,却是珊瑚礁必不可少的共生甲藻。而大约25%的海洋物种都栖息于珊瑚礁系统。近六十年来,我国珊瑚礁面积减少约80%,非健康状态占50%。比头发丝还小一百倍的虫黄藻细胞,其基因组大小却有1.2 Gbp,相当于人类基因组的一半。要了解虫黄藻及其与珊瑚礁共生的机制,可不是一件易事。

了解虫黄藻基因组的过程,就像翻译一本密码编撰而成的故事。先依靠新一代的测序仪,获得无数的基因片段。再借助生物信息学、计算机算法,进行解密和拼接。就像翻译小说的字词句,再组成段落和章节。

因为缺乏背景资料,需要无数次的重复和调整,与尽可能多的亲缘物种进行比较,才能系统地呈现虫黄藻基因组的结构特性。林森杰教授课题组的这项研究,解密了虫黄藻基因组故事中丰富的基因组结构小节,呈现了和珊瑚礁共生协作机制的精彩情节,在这个领域做到了国际领先。

九点半,是两个博士生的中期考核报告。在场的除了林森杰教授,还有硕士、博士、高级工程师、新晋青年教师。这样的汇报,更像是头脑风暴式的讨论。博士生展示这阶段的研究进展,大家在旁提出疑问和建议。“那么这两组数据之间是否存在关联性?”“要了解是否存在这个代谢途径,必须在基因组里用各种方法进行彻底挖掘。”“应该思考下,探究一下有没有另外一种可能。”……所有人都很认真的那种气场,让记者想起了林教授说起的回国初衷:“希望能把国外的学术气氛带回来,让这边的年轻人,专心搞科研,拥有专业的精神。”

中期考核结束后,是林教授与学生的一对一深聊。每个人需要半小时左右,大概要持续一整天。即便是林教授出差在外的时候,这样的交流都是定期开展,要么面对面,要么通过网络电话skype。也正是这样的国际化状态,让他和他的团队保持一种国际化的视野。就像虫黄藻这个课题,在夏威夷采的样本,联合行业专家华大基因测序,邀请美国和加拿大的专家学者共同攻关。“不要把自己的思维锁在一个盒子里。”这是林教授在与学生交流时所说的。

中午在一楼的咖啡厅,课题组的几位老师一起吃了个工作简餐,高级工程师李凌递上了新的基因组数据,与林教授商讨下一步科研项目的开展时间表。一旁的助理研究员林昕也加入了讨论,一起商量下学年的课题进展和项目申报。林昕2007年起参加了厦大与康涅迪克大学的联合博士培养项目,当时便是师从林森杰教授。2010年获悉林老师加盟海洋与地球学院后,就申请成为林老师厦大研究团队的博后,从2011年项目立项开始就参与了虫黄藻这一研究课题。她从林教授的学生,慢慢成长为一名日渐成熟的青年科研工作者。席间,林教授开起了玩笑:“我反正年纪大了,慢慢要退出舞台了,但你们请我吃饭,我还是会来的。”

当时间调回到2011年,厦门大学海洋生态基因组学实验室进入筹备期,林森杰教授课题组逐步开始了虫黄藻基因测序以及和珊瑚礁的共生关系研究。

2011年,也是厦门大学“十二五”规划的开局之年。

今天,林森杰教授和他的团队,在Science发表了这篇论文。这时“十二五”规划也接近尾声。历史似乎充满着巧合,但细究之下,又有着必然。一项科学成果的诞生,是需要物力财力的大量投入,需要国际高端人才的加入,需要整个科研团队的努力,更需要有长远的规划和足够的耐心。

现在,时间走向2015年底,《厦门大学“十三五”规划和远景规划(讨论稿)》近期已提交学校教代会讨论。林森杰教授和他的科研团队又开始了新的甲藻的研究。

采访手记:

采访之前,在查询林森杰教授的学术成就资料时,看到的最多表述是“首次”。“首次将PCNA方法应用到浮游植物细胞周期和生长率现场观测。”“首次在浮游植物里克隆了线粒体细胞色素B基因。”“首次在甲藻门内发现mRNA编辑现象。”……也许就是那么多个首次,让林森杰教授被称为“具有开拓性的海洋生态年轻知名学者”。

但与林森杰教授的接触中,又会感觉他的平静温和。正如他在课题组中的角色,似乎就在潜移默化中,影响着大家都带有对“首次”追求的基因。闲聊期间,课题组的成员开玩笑说道:“当时开始做这个项目时,就是奔着Science或者Nature去的。”虽是一时趣谈,但也是一种视野。当按照国际的标准来衡量工作的水平时,离世界一流可能就会近一点。

或许,对于“首次”追求,让他们在最开始,就要选择一条最难的路。

(宣传部 黄伟彬)

【责任编辑:】
最新新闻
最新图文